Wie in den Grundlagen bereits beschrieben, muss die Funktionalisierung der Säule genau zum Ziel Analyten passen, da eine umkehrbare Bindung zwischen der stationären Phase und des Zielanalyten gewünscht ist. Daher ist die Modifizierung der Affinitätssäule das mit Abstand wichtigste Kriterium bei der Wahl der Säule. Da die Zielanalyten vom Liganden unter den Startbedingungen zunächst gebunden und alle Verunreinigungen von der Säule gewaschen werden, sind die Säulen in der Regel kürzer im Vergleich zu anderen Chromtographiearten. Andere Parameter spielen eine eher untergeordnetere Rolle.
Viele rekombinante Proteine besitzen einen Polyhistidin Tag oder einen Gluthathion-S-Transferase (GST) Fusion Tag.
Die Histidin Tags binden an di- oder trivalenten Metallionen. Diese Art der Affinitätschromatography ist als Immobilisierte Metallaffinitätschromatography (IMAC) bekannt. Die gebräuchliste Metall hierfür ist Nickel, aber auch Kupfer, Zink und Cobalt werden verwendet. Zur Elution wird typischerweise Imidazol als kompetitiver Ligand verwendet.
Für GST Fusion Proteine kann ein Tripeptid (Glu-Cys-Gly) als Ligand für die Affinitätschromatography eingesetzt werden. Gluthathion kommt in der mobilen Phase zum Einsatz, um das gebundene Protein zu eluieren.
Ein viel genutzter Ligand in der Affinitätschromatography ist Protein A. Protein A bindet an vielen Immunoglobulins in vielen Spezies. Dies ist ein einfacher Weg um Antikörper aus einer Matrix aufzureinigen. Für die Elution der Antikörper von einer Protein A Säule wird normalerweise eine mobile Phase mit einem niedrigen pH-Wert und einer hohen Konzentration einer Aminosäure wie z.B. Glycin oder Arginin verwendet.
Protein G hat im Vergleich zu Protein A eine höhere Bindungsaffinität. Protein G bindet optimal bei sauren pH-Werten, was die Elution unter saureren Bedingungen (pH < 3) zur Folge hat. Diese hohe Bindungsaffinität kann auch einen IgG Carry over zur Folge haben, weshalb Protein G spezifisch zum Antikörper ausgewählt werden sollte.